香港科技大学经济学理学硕士（MSC of economics），由经济系提供，是一套全日制的修课式理学硕士课程 ，适合打算从事经济研究的学生，特别是希望继续攻读经济学博士的学生。课程的宗旨是为学生提供前沿的经济理论和定量分析训练。经济系提供的经济学理学硕士课程为期两年，在经济学博士研究生学位课程的基础上设置了一套理论和定量课程，因此，完成课程学习的学生可以取得经济系博士研究生学位课程同等水平的专业分析技能。该理学硕士课程的毕业生通常有志于到世界上的顶尖大学攻读博士学位，或在高校、政府部门或私营机构从事专业分析工作。
香港科技大学金融工程学理学硕士（MSC in Financial Engineering），由工程学院和商学院合办的MScinFinancialEngineering课程是亚太地区首创的课程，涵盖工程、商业和金融等方面，以回应金融工程师的迫切需要，他们同时具备定量、工程和分析以及金融和管理技术的技能，以解决金融问题。课程由工程学院和商学院的杰出教授教授，在第一学期，学生必须修读五门涵盖微积分、随机微积分、微观经济学、企业金融和金融理论等主题的必修科目，以确保为定量金融领域的高级研究打下良好基础。然后，学生在剩余的时间内，根据其学习计划和兴趣选择8门选修课。
香港科技大学金融分析理学硕士（Msc in financial Analysis）。由商学院提供。金融分析硕士课程为学生从事金融资产定价工作提供严格的培训，包括衍生品定价、算法和高频交易、量化投资组合管理、信贷分析和风险管理。这个课程建立在KaanMastur教授的国际知名的教学法和学术研究的基础上。它是一个以应用为中心的课程，利用金融和计量经济学的尖端理论，在量化金融领域获得就业的关键分析能力。该课程注重在实践中的应用，使用真实的金融数据进行高级分析建模和计算机实验，并使用先进的建模软件。
