博士毕业出国档案放哪儿？
楼主好，本人情况类似。 首先，要弄清楚学校为什么要收走档案。一般来说，学校不会主动要学生的档案，因为按照我国的人事管理规定，学生毕业，无论是博士还是硕士，档案都应该由学校转递到毕业生户籍所在地的政府人事部门（研究生就业主管部门）。当然，如果学校是211或者985工程院校的话，可能因为政府相关部门特事特办的原因而可以暂时留校保管。如果不是的话，那就应该按规定转递。所以楼主的档案应该是被学校扣下了。至于原因嘛……估计是被借去他用了吧。
其次，搞清楚学校为什么能借你的档案而不经过你的同意。这个很简单，因为你是毕业生，学校以保管档案为名，借走你的档案，属于公对公的调档手续，是合法合规的。况且你也无法拒绝，毕竟你要使用档案也得先经过学校的“批准”不是么？所以遇到这种情况，最好还是不要坚持自己的意见，与学校“协商”，争取早日拿回自己的档案。
第三，谈到对今后的影响。说实话，这种违规调档的行为虽然不合法但也不违法，所以在目前的制度下，好像也没有办法具体追究什么责任。但是，如果因此造成了当事人的损失，比如由于学校无故扣留档案导致当事人不能及时找到工作等，当事人是可以要求学校承担赔偿责任的。不过话说回来，这种负面影响肯定是有影响的，比如说以后你考公务员或者事业单位有可能就受影响；还有，如果你今后有职称评选或者其他需要出具档案材料的场合，由于学校没有义务给你及时提供，所以你很可能要承担由此产生的延期或者失败后果等等。所以说，一定要慎重处理！
总之，出现这种情形，主要是由于学校违规办理引起的，你应该向学校提出交涉，敦促其尽快依法转递档案。如果学校继续故意刁难，你可以向教育主管部门投诉或者直接向法院起诉，维护自己的权益。