哪几所大学日本史好？
首先，“大学”二字有点误导。题主似乎以为中国只有综合性大学和专门性大学之分。实际上，日本有四类大学。 第一类是综合性的旧制帝国大学（东京大学、京都大学等）；第二类是理工科为主的旧制帝国大学（大阪大学、名古屋大学等）；第三类是文科为主的学校（九州大学、东京女子大学）；第四类是短期大学（类似我们的职业技校）。 以上四类的学校都设有历史学部，以研究历史为基本职能。第一类和第二类的学校由于建校时间早，其历史悠久专业的历史学部的水平也是最高的。但是，随着时代的发展和学术研究的分科细化，其他三类学校的历史学部也在逐渐提高自身的学术水准，而且各有特点：
1. 大阪大学的近代思想及哲学历史学科素来非常有名，如果题主对日本近代的思想文化特别是明治维新以后的思想流派感兴趣的话，建议选这个。因为是理工科背景的大学，所以理科的师资相对会比较强。
2. 名古屋大学的古代东方文明史和世界史很有特色。因为名古屋大学地处中部的爱知县，地理位置较偏，因此校风比较宽松自由，教授也普遍比较热心负责。如果想学东洋史的话这个学校是比较理想的。
3. 九州大学的文学部包括历史系在内都是分门别类地设置，因此学习环境相对严格一些。但是由于其位于福冈市，交通生活便捷，加之本身也拥有非常好的口碑，因此每年的竞争也很大。如果想学日本古典文献或是想将来做日本古代的考古发掘的话，九州的史学界可以说是国内最顶尖的了。
4. 东京女子大学虽然校风和规模都比较小，但是因为是培养未来能够成为教师的女大学生，所以在基础课程和教学上都是非常严格的，在毕业生的质量上也堪称优秀。想学日本近代以来女性社会地位、性别角色这些方面历史的可以报这个。 在本科阶段，个人认为最重要的是选择合适的院校。因为好的学校和不好的学校的差距真的是很大的。尤其是日本这种讲究学生自主性的国家，老师基本上不会干涉学生的选课权。如果在本科阶段就能选择到好学校的好专业的话，那么今后在研究生阶段的申请也会容易很多。反之则很困难。