日本团签有拒签的情况吗？
有，但是我遇到的非常少。 2018年5月，我办理了几批日本的旅游团签证，成功率百分之百，但是也有一个小插曲，在最后出关的时候，我收到了使馆的补充材料通知（之前已经在网上上传完毕并收到回执），要求我提供上海本地房产证明或者近6个月缴纳的水电费通知单，因为我是外地人，在上海没有房子，所以需要额外补充材料，虽然觉得莫名其妙，但是还是赶紧按照大使馆的要求准备了，这才顺利出境。
同样在2018年5月，我又办理了两批日本的旅游团签证，仍然全部通过！ 2019年3月，我再次办理日本的旅游团签证，这次是个人申请的签证，由于提供的资料齐全并且有效，所以很快就拿到了签证，不过，我在去日本的飞机上遇到了同行者，闲聊之时他告诉我，他的签证被使馆打了回来，原因竟然是酒店确认件上的日期有误，虽然他再三解释，签证还是被退回，真是奇葩了…… 所以，综合我的经验来看，日本的团签是否能通过主要取决于两点，一是申请人是否满足使馆要求的申请条件；二是申请的资料是否真实、合法和完整。只要做好这两点，获得日本的团签应该是不难的。
至于题主所说的大学通知书，我觉得可以提供给签证官备查，毕竟他是通过正规渠道录取你的，肯定会有留痕，但是如果签证官问了为什么选择我们学校之类的，回答不好就可能被拒，因为签证官想知道你对日本文化以及日文的理解程度。如果有学生证就更好了，可以直接出示给签证官看。